天才外科医生变身为游戏医生骑士，对抗能将人类转化为游戏怪物的致命病毒。
一种名为“Bugster”的神秘病毒爆发，感染者会变成基于电子游戏的怪物，并最终游戏化消失。为了对抗Bugster，卫生省成立了秘密机构“CR”，其成员是能使用“玩家驱动器”变身为假面骑士的医生们。主角宝生永梦是一名拥有天才手术技术却抱有心理创伤的儿科医生，他变身为假面骑士Ex-Aid，以“手术”的方式清除患者体内的病毒。随着调查深入，永梦发现病毒来源与一家游戏公司及五年前一场未完成的手术有关。他必须与同为骑士的伙伴们合作，在拯救生命的同时，直面自己的过去，并阻止试图将全世界都游戏化的终极阴谋。
将医疗、游戏与特摄英雄结合的设定新颖大胆，视觉风格鲜艳动感。主角作为医生的仁心与作为战士的成长线并重，情感真挚。战斗设计富有创意，巧妙地融入了游戏元素和医疗术语，别具一格。